文昌得授翰林学士，并升任祠部郎中，获赐绯色官衣。

元和十五年，唐穆宗继位。段文昌被召入思政殿，以备顾问，不久便被拜为宰相，授为中书侍郎、同中书门下平章事。

长庆元年，段文昌上疏，请辞相位，唐穆宗遂任命段文昌为西川节度使、同中书门下平章事。段文昌素知蜀地民情，到任后虽治政宽仁，但却法纪严明，深受蛮夷畏服。

长庆二年，云南蛮族侵入黔中。朝廷接到黔中观察使崔元略的奏疏，非常