高崇文征讨西川。

高崇文攻入成都，将刘辟槛送长安，并向朝廷推荐房式、韦乾度等归降的西川参佐，段文昌也在归降官员之中，虽受高崇文重视，但并未得到举荐。

元和二年，李吉甫拜相，段文昌曾在李吉甫担任忠州刺史时前往拜访，因此得到提拔，被擢升为登封县尉、集贤校理，后历任监察御史、补阙、祠部员外郎。

后来，唐宪宗欲授段文昌为翰林学士，但被宰相韦贯之阻挠。元和十一年，韦贯之罢相。段