为了回避这场危机，世界树决定舍弃“旧数码世界”，重启“新数码世界”，也就是破而后立。

于是为了删除对于新世界无用的数码兽，执行了数码兽删除程序「x程序（xprogram）」。

这个计划被称为「方舟计划」，内容是将超负荷的数码兽全部一扫而光，只将世界树认为有必要的皇家骑士和研究对象保留。

只要是助于数码世界发展的，为此牺牲绝大多数数码兽的生命也无所谓——世界树秉承着