师后，拜李孝恭为左光禄大夫，不久又任其为山南道招慰大使，带军直入巴蜀，降下三十余州。虽然是武将，但是带兵手段稍显温和，经常降对附之人怀之以礼，抚慰有加，因此在民间颇有声望，往往书檄到处兵不血刃，保全了许多性命，可称得上“仁德”二字。

武德三年，李孝恭又献计进攻割据江南的萧铣，李渊非常欣赏他的计策，进爵为王，并改信州为夔州，拜孝恭为总管，命他广造大船，教习士兵水战，准备进攻萧铣