怯薛和侍卫亲军虽然都是中央宿卫军队，但在职能上有明确分工。怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和斡耳朵的防卫，一般不外出作战。侍工亲军则既要负责元朝两个都城大都和上都的安全以及“腹里”地区的屯守，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去作战。

隶属关系上二者亦不相同。怯薛由怯薛长掌管，直接听命于皇帝。侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫、后宫卫军外，均隶属于专掌军政的枢密院