若从整个江南地区看，蒙元镇戍军的驻防，其实是以长江沿线为中心，其中从长江入海口直至重庆三峡的南北沿岸，密密麻麻驻扎了至少三四十翼万户，这些万户府多以汉军为主，是元廷监控江南地区的主要军事力量。一旦江南腹地有警，各行省即会迅速从各翼万户府抽调兵力，南下弹压。

而江南腹地的镇戍军，新附军的成分开始明显增多，除了汉军、新附军相参的万户府外，甚至还出现了一些以新附军为主的万户府。新附军由前宋