随着帅府军整训工作，各军的编制调整也随之完成。

中军编有步军十个指挥，马军一个指挥，加上直属的弩炮队、斥候队、辎重队和亲卫队，共有兵员八千余；前、左、右三军除步军各为六个指挥外，余者相同，各有兵员六千余；后军因为暂驻雷州，那里人口相对较多，经帅府同意后征募兵员两万多人，除一部分补充入琼州各军外，将后军扩充为步军十二个指挥，马军两个指挥，并辖有水军两个指挥，兵员过万，兵力超过中军成