结束，重返拜仁慕尼黑。在勒沃库森效力期间，克罗斯出场48次，打进10球助攻13次。

2010年夏天，克罗斯重返拜仁慕尼黑。2010-11赛季，克罗斯出场37次，打进2球助攻8次。2011-12赛季，克罗斯出场51次，打进7球助攻19次。

赛季末，克罗斯遭遇肌肉撕裂伤病，进而缺席了欧冠决赛和德国杯决赛。2012-13赛季，克罗斯出场37次，打进9球助攻8次