帮助罗斯托克赢得亚军，进而引来拜仁慕尼黑球探的青睐。

2006年夏天，克罗斯与拜仁慕尼黑签下一份期限至2011年的业余合同。2006年8月20日，克罗斯第一次代表拜仁慕尼黑U19队出征青年德甲，其生涯处子秀即贡献进球，帮助球队1-0小胜凯泽斯劳滕U19队。当季，克罗斯为拜仁慕尼黑U19队出战22场打入7球，帮助球队成为当季的青年联赛亚军。

2007年7月