2月，获得了当年的金童奖。

当赛季的西甲联赛中，他联赛出场37场，打入9球并有1个助攻。2013年1月28日，伊斯科与马拉加签订了一份新合同，新合同的新买断条款定为3500万欧元。在欧冠赛场，马拉加成为一匹黑马，不仅小组出线，还凭借伊斯科的一传一射2：0帮助球队拿下波尔图晋级欧冠八强，可惜在八强遗憾输给了德甲豪强多特蒙德。

效力马拉加期间，他一共为球队出