管辖，但是在军事上受卫所的节制。装备也比地方的弓兵要好一些，这些巡检司的弓兵由于常年与倭寇作战，战斗力还算不错。

就是布置的太过于分散了，每个巡检司只有八十到一百人，胡宗宪决定增加巡检司的兵额，以一百八十到两百人为基准，招募民间的骁勇，包围乡土。

本来浙江都指挥使司下有专门的浙江总督备倭都司，负责全省的备倭事宜，但是由于现在卫所废弛，根本起不到什么作用。