，毕金科也跟着王国才留在了湖北。他在荆州龙会桥、天门丁司桥大败太平军，受到曾国藩的赏识，被曾国藩揽入湘军。

因他是云南临沅人，并非湖南老乡，故曾国藩把毕金科安置在塔齐布军中。毕金科很快便脱颖而出，与朱洪章一道，成为塔齐布最为倚重的左膀右臂。

实际上，在塔齐布这一派湘军中，曾国藩最欣赏的将领便是毕金科。可惜毕金科不是湖南人，资历又浅，在塔齐布死后未能继承塔齐布的部队。