首任司令员为原右二军参谋长肖扬，其主要任务是围剿境内水寇，支持陆军日后进取四川、陕西、河南、广东等地。

关于是否保留长江舰队，执委会曾有过一番争论。有人认为，共和党已经尽占长江中下游，没必要再保留长江舰队，可以把节省下来的经费留给东海舰队。

吴捷力排众议，力主保留长江舰队。南中国水网密布，从湖北溯汉江北上可以攻陕西、河南，溯长江西进可以攻四川，从湖南溯湘江南下可以攻