来又投奔皮岛在毛文龙手下当差，并深得其重用，在东江镇一直升到参将。崇祯二年毛文龙死于袁崇焕手下之后，耿仲明不服管辖，去山东登州投奔了孙元化，然后做了中军参将。而崇祯四年孔有德在吴桥发动兵变之后，耿仲明在登州作为孔有德的内应，里应外合拿下了登州城。

崇祯六年登州叛军终于支持不住，孔有德、耿仲明弃城逃往海上，然后归降了后金。后金汗皇太极自出迎十里，授予耿仲明总兵官之职，并将他们从大明带出的叛