当时，青苗法正在实施，黄中庸痛心地说道：“我只看到了青苗法带来的危害，实在不忍心看到无辜之人受到刑罚的制裁。”绍圣初年（公元 1094 年），他进入朝廷担任尚宝卿。两年后，晋升为侍中。四年后，被授予中书舍人（内阁中书）的职位。在北宋元佑元年（公元 1086 年），他接替司马光成为宰相。他坚定地支持哲宗时期司马光所推行的亲近民众、扶持农民、帮助农业发展的政策。然而，他坚决反对蔡京通过挖掘司马