在圆修圆寂之后，玉林琇便受命接替了他的职位，成为了报恩寺的住持。

当时，他才只有二十三岁，这在佛门是非常罕见的。

玉林琇在任期间，经常出外行化，不仅宣扬了佛教，也为寺院筹得了大笔善款，将报恩寺修缮一新，成为附近闻名的寺院。

而历史上，顺治向他询问大清朝能够延续多少代时，玉林琇留下了“十帝在位九帝囚，还有一帝在幽州”的十四字预