唐贞观年间，朝廷首次在琼州设府并析置琼山县。宋绍兴年间，朝廷设琼管安抚司都监，领琼山、澄迈、文昌、临高、乐会五县，治于琼山府城。

至元十五年，元军攻占琼州后，撤琼管安抚司与昌化、万安、吉阳三军，置琼州路军抚司、南宁军、万安军、吉阳军，隶属于湖广行省下设的海北南道宣慰司。

琼州虽然名义已经没了治所，但是府城依然是整个琼州岛最大的城池。