造成邻近的血管、神经损伤。

尤其是当使用有角度的内镜时，监视器上显示的为内镜侧方的图像，更易引起副损伤。

另外就是出现意外之后，容错率降低。

术区有较多出血时，处理较困难，因而要求术者对于相关解剖结构有清楚的认识，并且接受过良好的内镜操作训练。

最后就是对团队协作的要求极高，需要对材料力学、组织工程、神经解剖学科涉猎，复合型团队才能完成神经内镜下的微创手术。