长子朱慈燃，怀冲太子，生母张皇后，可惜生下就是死胎。次子朱慈焴，悼怀太子，母皇贵妃范氏，早夭。三子朱慈炅，献怀太子，母皇贵妃任氏，朱由校对他抱有很大的希望，希望他以后能继承自己的皇位。这孩子一直也都很健康。却没想到因为这场无妄之灾，现在也夭折了。

除了三个儿子，朱由校也曾经有过三个女儿。长女朱淑娥，永宁公主，母皇贵妃范氏，两岁早夭。次女朱淑嫫，怀宁公主，母成妃李