在时任宣大总督的王崇古请示朝廷给弘化阐教寺番僧经书度牒的奏章上，朱翊钧做了重要批示，指出因两宫崇佛，特批內帑五万，命令王崇古在边地大修梵宇，并译经书。

当时朱翊钧还指示道“天朝一统之化，喇嘛番僧等开导虏众，易暴为良，功不在斩获之下。切切要紧，不可轻忽。”

这是他召对张居正，取得参政权之后做出的仅次于严打的重要批示，王崇古等边地总督当然高度重视——为家族子孙计，也不能给少年皇帝上