奇太妃在西苑百禄宫殿顶塌陷中罹难，在朝廷中引起轩然大波。朱衡当日跪在百禄宫门外，未获太后和皇帝召见。

张居正面圣后，让朱衡自行回部，自请处分。朱衡性格强硬，常与张居正相争，不为张居正所喜。万历元年，杨博辞吏部尚书，葛守礼和朱衡一主一副，拟于廷推时夺得此位，却被张居正联合王瀚击败。

此次西苑修造案发，张居正欲借此机会，将朱衡赶出朝廷。因此在面见朱翊钧时，无一句缓颊之语。