既然提到了尚方剑，为了避免像历史上那样发生袁崇焕擅自斩杀毛文龙的事情，朱由检明确道：

“尚方剑只用于战时，总兵以下不用命者得以军法从事。”

“总兵若不听命可当场解职，令副总兵暂代。”

“平时非战时、非紧急状态不得用尚方剑，违犯军法交卫尉署羁押、军事法庭审判。”

“用尚方剑斩杀或羁押人员要有记录，军事法庭后续审判定案。”