设立卫尉寺后，第一个要确定的就是级别。

大明的五寺被朱由检调整级别后，目前有大理寺、太常寺、太仆寺三个正三品衙门，光禄寺、鸿胪寺两个从三品衙门。

因为是打算用从三品指挥同知提督，卫尉寺的级别，被朱由检定为从三品。

群臣对此有些异议，因为他们很想将卫尉寺定为正三品，以锦衣卫指挥使担任卫尉寺卿。

这样即使皇帝另外任命锦衣卫掌印，锦衣卫明面