第一次常参会议处理了吏部事务，第二次常参会议自然要处理兵部事务。这是目前被纳入常参会议的两个部门，朱由检要直接插手部务，造成既定事实。

所以九月五日，朱由检在武英殿召集大学士、九卿和兵部、兵科、五府等相关人员，召开第二次常参会议，处理这几日积压的兵部事务。

首先是九月二日的奏报，两广总督商周祚送来红衣铜铳二门、铁铳八门并铁弹什物等项，朱由检向兵部官员询问道：