这一次马尾海战中，输得最惨的当然是日本帝国了。

大日本帝国陆军联合舰队全军覆灭，日本数十个港口遇袭，日本的运兵船和运输船被毁，如果不是长崎的守备军队严防死守，恐怕如果长崎军站一旦被毁的话，日本根本无力回天了。

单单就这次战斗而言，日本损失的金额总数就是甲午中国赔款总数的三倍，其中联合舰队的损失其实并不算是大头，反而是被中国人炸毁日本海军总部横须贺海军基地以及被俄