对于魏大中和陈九畴之间的是非曲直，朱由校不能一语而断，按旧例要交付部议，再做复疏。

很神奇的是，部院复议结论一边倒的都认为陈九畴论人失实。

尤其是以赵南星为首的吏部和都察院，不少人在复疏中都称魏大中品行高厚如山，陈九畴说他以师生之谊，朦胧滥推，纯属无稽、污蔑之笑谈。

赵南星其后并上奏疏，力挺魏大中，称：“陈九畴此举居心叵测，妄图让君子不得同道为朋。