接着这个机会，石达开首先整顿的就是军事力量，将先后从各地投靠过来的太平军各部完全的整合在一起，这个时候石达开超卓的军事能力的完全的彰显，在短短的时间内，一大批年轻的优秀将领再次被石达开提拔起来，占据了各个重要位置，这些人都是在跟湘军交战的过程中表现最为突出的精英。

为了能够改变目前各部各自为战的局面，石达开开始大肆变革军事体系，将整个太平军设立成为五个军，分别负责四个方向的军事防攻