孙元化虽然是徐光启的弟子，但他照比徐光启的博学相差甚远。他专精于西洋火器，对铸炮和操炮极为精通。

对于科学院院长，皇帝是准备授予爵位的。象徐光启，就要给他个伯爵。这不同于民爵，能够彰显皇帝对科学院的重视。

按照皇帝的设想，以后每任科学院院长，都将被授予爵位。当然，能当上科学院院长，学识、德行都是高要求的。

皇帝也知道孙元化的资格，要担任科学院院长，