对于这数量庞大的宗藩，朱由校相当的头痛，也知道在平辽和平定奢安之乱前，还不能太过强硬。

但这并不意味着他没有逐步改革的手段，收回“钦赐”，即庄田；收回特权，即一些藩王手中的盐铁之利。

将这些全部归于国家，只给宗藩发放规定的俸禄，不准他们四下伸手捞钱的机会。

同时，朱由校还开办了宗学，准许宗藩子弟入学，准许宗藩放弃爵禄改入民籍，从事士农工商等职业。