补过失、修复名声，钱谦益携柳如是至海上犒师。

当时吴争，正出兵收复杭州府。

本来，黄毓祺所部能有些大作为的，可天公不作美，义军前往崇明时，遇到飓风，船只大多被摧毁，士兵葬身鱼腹无数，义军由此散去。

黄毓祺被清军擒获，关在应天府。

直到吴争光复应天府，黄毓祺才被放了出来，后在钱谦益的举荐下，任兵部侍郎职。

只是黄毓祺年纪大了，加上牢中受刑，身体已经垮