但熊廷弼多少有些郁闷。他在南直隶学台任上，主持科举考试，秉公录取，淘汰了一批不学无术却企图走关系的官绅要人了弟，而这些了弟大多是东林党后人。

熊廷弼因此得罪了东林党，从此陷入无尽的党争之中。

这时候，因为打死了违规学生事件，熊廷弼遭到弹劾，停职审查。他返回江夏（今湖北武汉）老家，避见官府，不问政事，只是终日游山