师为南方海军，改登莱水师为中部海军，调山海关水师为朝鲜釜山水师，改名为东部海军。

其中南方海军主要职责是守护大明南方沿海，包括镇守南洋；中部海军主要职责是守护北起渤海，南到福建的海域，守护本土安全。东部海军的职责是守护朝鲜海域，并承担征讨倭国的重任。

第三，市舶司改制，设市舶司司长一职，由司礼监秉笔太监担任，主要职责是核实收取进出口海贸税收。

另有副司长有二，其一由户