人和教会主教的存在来维持权力，马尼拉总督府反而不是最重要的权力核心。

宗教和商业才是这一时期西班牙能够控制菲律宾整体的重要因素，相比起这两点因素，军事因素并不占主要地位。

这就带来了一系列的问题，比如菲律宾内部普遍不服从西班牙管理的地方土著势力，还有一直没有被西班牙征服、顽强地向清帝国维持朝贡关系的苏禄王国。

赵学宁早在还没有创建兰芳公司的时期就已经和苏禄王国不对付了