军区，拥有着大明最强的力量，依次是西南军区、辽东军区和北方军区。

当李云天将辽东都司、大宁都司和奴儿干都司将合并成为辽东军区，山西行都司、蒙古都司和万全都司合并成为北方军区时，也对交趾都司和广西都司进行了规划，将两者合并为了西南军区。

不过，与辽东军区和北方军区不同的是，虽然西南军区也裁减部队的规模，但是已有的骁武军军户却被悉数保留了下来，这是李云天对那些军户这些年来为大明所做