长崎神奇宝贝决斗大赛相比起其他城市、小镇举办的类似大赛规模就要大多了，这一届报名参赛的人数足足有三百多位，因此利用残酷的淘汰赛来快速筛选出合适的选手就非常必要。

比赛最开始，将有九个战斗场地同时开始战斗，每一位参赛者都只允许使用一只精灵，输的淘汰，赢的晋级，可以说是非常考验选手硬实力和运气的机制。

这样的淘汰赛一直要持续到选出16强才会结束，而十六强之后，就是标准的3对