1849年春，朱济世从上海行在迁往应天府，由于应天王宫还在修缮当中，原来的两江总督衙门就成了朱济世的临时王宫。同时，内阁府，大元帅府，大学士府，大理寺（最高法院），立宪议会等机构也一并迁入应天府。衙门虽然不少，但是应天府本来就是前明首都，满清统治时期又是两江总督衙门、江宁将军衙门驻地，城内官衙众多，倒是有足够的地方安排这些机构。

朱明迁都的同时，也在逐渐加强对两江地区的控制和监视