朝廷再斩杀官僚士大夫，而不得不上本说：

“臣请陛下优恤士绅，尤其是贾公老迈，而不宜弃市，而生员章宗羲等士子亦当优容，而不当以极刑处置之，故请天子饶所有士绅死罪，改为流放充军，令其悔过，以彰天子仁德。”

朱翊钧对此直接召见了张居正和严清。

严清是刑部尚书，朱翊钧有意在将来把司法权从内阁分出去，以免内阁既掌天下民政，又可草拟天下司法之旨，而导致因行政乱法，也就还是选择了尊