鹿目圆是一个居住在见泷原的平凡中学生，有一天，她无意之中在脑子里听到了求救声，而当鹿目圆按照脑内的求救声来到地下通道时，遇到了一只奇怪的白色生物，不仅如此，她还被卷入了一场魔法少女的战斗之中！

而在这之后，鹿目圆因为机缘巧合在魔法少女晓美焰的带领下，来到了一个名为“魔法少女管理机构”的组织，在这里，鹿目圆终于见到了这个世界的另外一面，那就是充满了魔法与魔女的，战斗的残酷一面！