架了尼奥的老师墨菲斯，并且试图从他口中拷问到锡安的密码。但是最终，觉醒了救世主力量的尼奥干掉了史密斯，并且救出了墨菲斯。

不过这并不是结束，或许是因为尼奥当时对于自己的力量并没有能够很好的掌握，倒是名为“特工史密斯”的杀毒程序产生了变异，变成了一种具有自我意识，脱离母体而存在，开始大量自我繁殖的病毒………嗯，从任务目标里有消灭特工史密斯来看，显然第一部的剧情已经结束了，而尼奥也成为了“救