毛文龙后，朱由检虽感到不悦，却也没有太在意。

然而等到崇祯二年，建奴绕道蒙古从蓟州入侵，抢掠京畿之后，朝廷震惊，朱由检震怒，于是当时的蓟辽督师袁崇焕便成了最大的罪人，朝野间纷纷议论，若是袁崇焕没有杀毛文龙，建奴担心后路未必敢绕道蒙古入侵。

然而，生死间灵魂游历四百年，结合四百年后的认识，朱由检的看法又有不同。