部共分为明、暗两支。

明系以善母和五明子为首，主要负责宣扬大明尊教；暗系则是以原子和五类魔为尊，专门负责铲除异已。

当年曾叱吒风云的“影子刺客”杨虚彦，便是大明尊教的原子，就连洛阳王王世充，也曾是上一代的原子。

大明尊教有诸多绝学，核心来源是镇教秘典《娑布，以及原子专修的绝学《御尽万法根源智经。

《娑布记录大明尊教的来源和信仰，内部又分为《药王经、《光明经，