暗部是直属于现任火影管理的组织，随着木叶火影的更迭，管理者也一直在随之变化，所以暗部的直接领导者是火影这个职位，而不是某一任的火影，比如在三代退位给四代后，卡卡西等暗部就直接受四代火影波风水门管理，三代就丧失了对暗部的管理权限，但也因此，暗部的成员在身份方面对木叶的高层并没有隐秘可言，在行动中多少都会有所制约。

根从创立到结束，管理者一直是团藏一人，而且里面