次督师辽东时，就是以马世龙为山海关总兵。

后因耀州柳河之败，马世龙被弹劾罢官，孙承宗也自请离任，崇祯二年，东虏破关，朝廷在万般无奈之下，重新启用了孙承宗和马世龙。

崇祯三年，马世龙因病自请返回宁夏归养，由于感念孙承宗简拔之恩，遂令长子马献圗充作孙承宗的贴身侍卫。

崇祯七年北虏寇关，宁夏总兵贺虎臣阵亡，陕西岌岌可危，马世龙带病出征，斩首两千级而还，实为崇祯朝对外敌不多的