东京防疫署成立于15年前的大正时期，最初是政府为应对传染性疾病而成立的医学机构，旨在治病救人。但随着狂乱的昭和时代到来，暴涨的军国主义思想也同样染指到了这里。

五年前，防疫署被迫接受来自军方的“整顿”，成为731部队的下属机构。接管这里的石井四郎要求防疫署的医学家们，利用他们丰富的传染病知识，去开发不人道的细菌武器。但凡是心有良知不肯乖乖就范的人，全部成了可悲的第一批试验品。