1941年11月11日，在这个阴雨绵绵的日子里，遵照山本五十六生前的夙愿，他的骨灰和灵位并没有被供进神社，而是安葬在了一处可以眺望整个横须贺海军基地的山崖上面。

下葬的当天，联合舰队大大小小近百艘战舰在山崖前的海面上列队集结。军政两界的高官几乎悉数到场，就连天皇陛下也大驾亲临。但少数知情者的脸色却不怎么好看，这不光是因为他们知道真正的裕仁并没有到场，还因为不久之前的一场不愉快。