在大兵压境之际，陈士奇借口上中下马渡水浅地平难以坚守。

退守水寨作为第一道防线，令部将邵仲光守卫，而在鱼河洞等处，各分兵三四百人守卫。

杨嗣昌的监军万元吉以兵力分散为忧，建议收缩防线，陈士奇仍固执己见。

万元吉派人通知杨嗣昌，这样无异议把重庆以及周遭险峻之地，拱手相让于锤匪和张献忠部。

杨嗣昌也一道奏疏请求皇帝罢免四川巡抚陈士奇，然后直接派人把陈士奇给收押