设旗籍、典属、王会、柔远、徕远、理刑六司，其中的徕远清吏司，掌回部札萨克政令，主责回疆事务。

六司之外，理藩院还设有司务厅等十几个庶务机构，其中，蒙古翻译房掌蒙文翻译及蒙文题本事件；蒙古官学掌教习蒙文、培养蒙文通译；托忒学掌教授托忒文及翻译托忒文文书。

所谓“托忒文”，又称“卫拉特文”，顺治五年，厄鲁特蒙古喇嘛、学人扎雅班迪在回鹘式蒙古文基础上创造，为厄鲁特蒙古专用之文字。托忒