前明行两京制，即北京为帝国的行政中心，南京作为陪都，当时朱老四迁都北京，但依然在南京保留了一套重要机构，就是南京六部。其官府和官员级别和北京六部一样，实权没有北京六部大，但确实是有实权的，南京六部需要负责上海、江苏和安徽地区的事物，其中南京户部和兵部最为重要。

待到新明鼎立，建都南京，相比于偏北的北平，南京到帝国各处的位置更近，加上大力修葺道路与建立邮政驿站，交通方便，军政事务悉