提出事归部院，一时六部大有脱离内阁的样子。

而严清担任吏部尚书时，吏部自行其事，不受内阁干扰，当时大受朝野之士好评。

到了杨巍任吏部尚书时，朝野上对他十分抱有期望的。杨巍在任外官时，年年考绩几乎都是一等，当年王大臣案，他秉公处事，然后被排斥出中枢，回乡种田。

他担任吏部尚书后，众官员也认为杨巍是嘉靖二十六年进士，无伦年纪还是科名都在申时行之上。没理由杨巍会听申时行之言