军指挥使司驻地，故军中称之为台北卫。

联合舰队常备舰队驻地就在台北卫的基隆港。基隆港原先被当地人称为鸡笼，魏公公觉得这名字不好听，特意更名为基隆港。

除台北卫外，又有台中、台南二卫，合称台湾三卫，统由皇帝亲军都指挥使司管辖。三卫之下设有基隆、桃园、新竹、宜兰、云林、嘉义、台东等大小十三处千户所。

原计划，台湾统一由台湾警备师团负责，但现在一方面台湾警备师团兵力补充未整